一人医師医療法人の理事長ですが、息子に法人を引き継ぐ場合の具体的な流れを教えてください。 また、気を付けるべきポイントはありますか？

理事長及び管理者の交代の手続きを行えば、医療機関名も含めて医療法人をそのまま承継することが可能です。

具体的には、都道府県に役員変更届を提出する、理事長変更登記を行う、保健所などに診療所開設届出事項変更届等を提出するなどの事務手続きが必要となります。

◆ 法人をご子息に引き継ぐ場合に気を付けるべきポイント

理事長が退任される際には、法人から役員退職金を出すことが可能です。退職金は、引退後のライフプランに関わる重要事項といえるでしょう。
しかし、ご子息が運転資金に支障を来さないように医療法人側の原資に配慮されなければなりませんし、税務当局によって不相応に高額であると認定されてしまうと、税務上損金不算入となりますので、退職金の適正額については、税理士等にご相談の上決定することをおすすめ致します。